La neuroanatomie est l’étude de l’organisation structurelle du système nerveux. C’est un enseignement indispensable à de nombreuses filières, que ce soit en neurosciences, en médecine, en psychologie cognitive, dans les formations paramédicales, et bien d’autres. L’apprentissage de l’organisation neuroanatomique est réputé pour être difficile car elle nécessite une représentation tridimensionnelle de toutes les structures (leur forme et leur proximité les unes aux autres) et l’acquisition se fait encore souvent par un enseignement à l’aide de coupes, c’est-à-dire à partir d’images en 2 dimensions.
De plus, l’organisation de ces structures varie entre les espèces et il est difficile de trouver les correspondances, notamment entre les cerveaux d’humain et de rongeur, tous deux très utilisés en enseignement. Une autre difficulté des étudiant(e)s est parfois de se représenter de quoi est constitué ces structures, c’est-à-dire de faire le lien entre une organisation macroscopique (les structures) et une organisation microscopique (les neurones).
Enfin, comprendre la neuroanatomie permet de comprendre la fonction des structures (perception, langage, motricité, etc.), c’est-à-dire le parcours de l’information à travers différentes structures.

Les applications Cerveau 3D sont des outils pédagogiques qui permettent la manipulation d’encéphales en 3D (à noter que les applications sont appelées « Cerveau » mais que ce sont des encéphales, ces derniers étant par définition constitués du cerveau, du tronc cérébral et du cervelet). Ces outils ont été développés à partir d’images cérébrales réelles et reposent sur l'utilisation du logiciel Unity qui permet d’améliorer l’interactivité, le rendu, les modes de visualisation, donc la pédagogie.